Joséphine Bakhita est née le 8 février 1869 au Soudan, province du Darfour, plus précisément à Olgossa dans la tribu nubienne des Dagiù en Afrique. C'est une esclave.
Sa famille est formée de quatre sœurs et trois frères.
En 1874, elle est témoin de l’enlèvement de sa sœur aînée, Kismet, par des trafiquants d’esclaves.

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À l'âge de neuf ans, Joséphine est victime de négriers. Un matin très tôt, elle se promène dans un champ quand soudain deux étrangers l'attaquent brusquement. D'une main, l'un la pointa avec un couteau et d'une voix forte lui dit: "Si tu cries, tu mourras, Allons."
Ils l'ont gardée pendant un mois dans une chambre sombre.
Par la suite ,elle est conduite au grand marché à El Obeid à pied sur un trajet de 300 km et est achetée par un chef arabe.
Elle sera vendue et revendue sur les marchés à cinq reprises.

Tous les esclaves étaient fouettés et abandonnés, baignant dans leur sang.
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Par la suite, elle fut acquise par un général turc.
Voyant que Bakhita n'était pas encore tatouée, il lui a fait subir de cruels tatouages.
Une femme désignée à cette tâche lui tailla des signes sur son corps. L'opération consiste à tracer avec une lame de rasoir des dessins sur la poitrine et le ventre; les plaies ouvertes sont ensuite bourrées de sel afin d'empêcher la cicatrisation. De tous ces mauvais traitements, Bakhita gardera pour le reste de sa vie 144 cicatrices.

Elle subit de mauvais traitements si bien qu’elle oublie même son prénom et le nom de son village. Elle perd sa langue maternelle au profit de la langue arabe. C’est alors qu’on lui donne le nom de Bakhita qui signifie la chanceuse. Elle sera vendue et revendue à cinq reprises.

Elle dira dans ses mémoires :
« Je n'ai jamais détesté personne.
Qui sait, peut-être qu'ils ne se rendaient pas compte du mal qu'ils faisaient ?
Si je rencontrais ces négriers qui m'ont enlevée et ceux-là qui m'ont torturée,
je m'agenouillerais pour leur baiser les mains, car si cela ne fût pas arrivé,
je ne serais pas maintenant chrétienne et religieuse.
Les pauvres, peut-être ne savaient-ils pas qu'ils me faisaient si mal : eux, ils étaient les maîtres et moi j'étais leur esclave. De même que nous sommes habitués à faire le bien, ainsi les négriers faisaient cela, par habitude, non par méchanceté ».

À lâge de 14 ans, elle est encore revendue. Cette fois, elle devient la propriété de Calisto Legnani à Kartoum. Calisto était un commerçant italien qui, depuis juillet 1880, était aussi un agent consulaire de son pays. Bakhita est demeurée chez lui durant deux ans.
En 1884, à l'approche de l'armée mahdiste, les étrangers abandonnèrent la ville de Khartoum.

Bakhita écrira:
«Le nouveau maître était assez bon et il se prit d'affection pour moi.
Je n'eus plus de réprimandes, de coups, de châtiments, de sorte que, devant tout cela, j'hésitais encore à croire à tant de paix et de tranquillité ».

En 1885, le consul doit quitter le Soudan à cause de la révolution.
Bakhita insiste pour le suivre avec sa famille jusqu'à leur arrivée à Gênes en Italie.

Des amis du consul notamment, Monsieur Auguste Michieli et Madame Maria Turina Michieli demandent à garder Bakhita à leur service pour la garde de leur petite fille Mimmina qui vient de naître. Ils l'emmènent à Zianigo dans la province de Venise.

L'acquisition puis la gestion d'un grand hôtel à Suakin, au Soudan, sur la Mer Rouge, contraignirent Mme Michieli à déménager dans cette localité pour aider son mari.
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Entre-temps, d'après un conseil de leur administrateur, Illuminato Checchini, Mimmina et Bakhita furent confiées à l'Institut de Sainte Madeleine de Canossa de Venise. Cet institut fut fondé en 1808 sous le vocable les Filles de la Charité "Canossiennes" ayant pour mission de venir en aide aux pauvres.
Peu à peu Bakhita se sent attirée par la vie religieuse et son idéal de perfection. Chaque nouvelle journée la rendait toujours plus consciente de la façon dont ce Dieu, qui maintenant la connaissait et l'aimait, l'avait conduite à Lui par des chemins mystérieux, la tenant par la main.
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Lorsque Madame Michieli demande de reprendre Bakhita pour la ramener chez elle avec sa fille, Bakhita étant devenue majeure, demande alors à demeurer chez les religieuses et ce malgré la tristesse de quitter Mimmina.

Madame Michieli refuse alors d’abandonner Bakhita et tente de faire intervenir des personnes influentes pour la faire sortir et l’affaire se poursuit en procès.
Le 29 novembre 1889, le procureur déclara que Bakhita était libre d’aller où elle veut
parce que l’esclavage n’existait pas en Italie et qu'en plus Bakhita était majeure.

Après quelques mois de catéchuménat, Bakhita reçut les Sacrements de l'Initiation chrétienne (baptême, première communion et confirmation) et le nouveau prénom de Giuseppina (Joséphine).
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Le 9 janvier 1890, Bakhita reçoit de la main du Patriarche de Venise, Mgr Domenico Agostiniles (1825-1891), les sacrements de l'initiation chrétienne: Baptême, Confirmation et Eucharistie, avec son nouveau prénom Giuseppina (Joséphine).
D'après un témoin qui participe au repas de fête qui suit, Joséphine est transfigurée: «Elle parlait peu, mais le bonheur rayonnait de tous ses gestes, de toutes ses paroles». Souvent, par la suite, on verra Joséphine baiser les fonts baptismaux en disant:
«Ici, je suis devenue fille de Dieu!»
Trois ans après, à 24 ans, elle demanda à devenir religieuse, .

Le procès pour la cause de canonisation commença douze ans après sa mort, entre 1955 et 1957 à Vicence.
Jean Paul II signe le décret sur l’héroïcité des vertus de Joséphine Bakhita le 1er décembre 1978 et signe
le décret de Béatification le 6 juillet 1991.

Elle est béatifiée le 17mai 1992 et canonisée par Jean-Paul II,
le 1er octobre 2000.
Le Pape dira à cette occasion :
« Cette sainte fille d'Afrique montre qu'elle est véritablement une enfant de Dieu : l'amour et le pardon de Dieu sont des réalités tangibles qui transforment sa vie de façon extraordinaire ».
L'Église célèbre sa fête le 8 février.
Elle était spécialement prisée par le pape Benoît XVI qui
l'a proposée comme exemple de l'espérance dans son encyclique Spe salvi.